Decidere dove alloggiare a Hakodate è fondamentale per vivere al meglio la città, soprattutto considerando la varietà delle sue aree urbane e delle attrazioni. Le zone principali in cui prenotare un hotel sono il centro città attorno a Hakodate Station, la zona di Motomachi e il quartiere termale di Yunokawa. Ognuna ha caratteristiche diverse adatte a tipi di viaggiatori e necessità specifiche.
Centro città e Hakodate Station: ideale per chi arriva in treno o deve muoversi facilmente. Qui si trovano negozi, ristoranti e il famoso Mercato di Asaichi. Pro per famiglie, viaggiatori singoli e per chi è in viaggio di lavoro. Contro: può essere più caotico e meno suggestivo dal punto di vista paesaggistico.
Motomachi: zona storica e panoramica, perfetta per gli appassionati di storia e per coppie in cerca di tranquillità. Da qui è facile raggiungere a piedi il monte Hakodate e i suoi punti panoramici. Pro: atmosfera romantica e culturale. Contro: meno servizi concentrati rispetto al centro.
Yunokawa: quartiere termale ideale per chi cerca relax, con onsen e hotel con sorgenti calde. Ottimo sia per coppie che per famiglie, più distante dal centro ma perfetto per chi vuole rigenerarsi. Contro: posizione meno pratica per tour urbani.